Pada awal masa sebelum dibentuk Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) Kota Padang, awalnya bernama Dinas Pendapatan Daerah (Dipenda) Kota Padang. Dimana Dipenda Kota Padang tergabung dalam satu OPD, yaitu dengan DPKA Kota Padang. Namun seiring dengan kebutuhan peningkatan kinerja pemerintah dan organisasi, maka DPKA Kota Padang dipecah menjadi dua OPD yakni BPKAD Kota Padang yang dibentuk dengan Perda Nomor 6 Tahun 2015 dan Dinas Pendapatan Daerah (Dipenda) Kota Padang yang dibentuk dengan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2015.
Kemudian Badan Pendapatan Daerah Kota Padang merupakan restrukturisasi organisasi yang dilaksanakan pada awal tahun 2017 berdasarkan Peraturan Daerah No 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Padang dan Peraturan Walikota Nomor 90 tahun 2016 tentang kedudukan, susunan organisasi, tugas, fungsi dan tata kerja Badan Pendapatan Daerah, maka Dinas Pendapatan Daerah (Dipenda) Kota Padang berganti nama menjadi Badan Pendapatan Daerah ( Bapenda ) Kota Padang. Badan Pendapatan Daerah merupakan unsur pelaksana penyelenggaraan pemerintah daerah di bidang pendapatan daerah yang dipimpin oleh seorang Kepala Badan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Walikota melalui Sekretaris Daerah.